З метою забезпечення діяльності КП «МПРС» у відповідності законодавчим і регламентним вимогам та здатності підприємства на постійне підвищення якості послуг, якості умов праці та захисту навколишнього середовища на підприємстві розроблено та впроваджено Інтегровану систему управління (ІСУ).
У грудні 2017 року Інтегрована система управління (ІСУ) підприємства пройшла процедуру перевірки Регістром судноплавства України та була визначена такою, що відповідає стандартам
ДСТУ ISO 9001:2015 Системи управління якістю
ДСТУ ISO 14001:2015 Системи екологічного керування
ДСТУ OHSAS 18001:2010 Системи управління гігієною та безпекою праці